A helper function for finding the appropriate species name for use in
stratify().
Arguments
- species
Character/Numeric. Search term, either name in English or French, AOU code, or scientific genus or species. Matches by regular expression but ignores case.
- combine_species_forms
Logical. Whether or not to search the combined species data or the uncombined species. Note that this results in different species names.
Examples
# Search for various terms
search_species("Paridae")
#> # A tibble: 17 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 2 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 3 7380 Mountain Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… gambeli TRUE
#> 4 7370 Mexican Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… sclate… TRUE
#> 5 7410 Chestnut-backed Chic… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… rufesc… TRUE
#> 6 7400 Boreal Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… hudson… TRUE
#> 7 7352 unid. Carolina Chick… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 8 7353 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 9 7354 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 10 7351 unid. western chicka… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… sp. TRUE
#> 11 7340 Bridled Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… wollwe… TRUE
#> 12 7330 Oak Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 13 7331 Juniper Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… ridgwa… TRUE
#> 14 7332 unid. Oak Titmouse /… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 15 7310 Tufted Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolor TRUE
#> 16 7320 Black-crested Titmou… Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… atricr… TRUE
#> 17 7315 unid. Tufted Titmous… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolo… TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("chickadee")
#> # A tibble: 10 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 2 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 3 7380 Mountain Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… gambeli TRUE
#> 4 7370 Mexican Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… sclate… TRUE
#> 5 7410 Chestnut-backed Chic… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… rufesc… TRUE
#> 6 7400 Boreal Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… hudson… TRUE
#> 7 7352 unid. Carolina Chick… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 8 7353 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 9 7354 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 10 7351 unid. western chicka… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… sp. TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("mésang")
#> # A tibble: 19 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 4840 Canada Jay Mésan… Periso… Pass… Corvi… Peri… canade… TRUE
#> 2 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 3 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 4 7380 Mountain Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… gambeli TRUE
#> 5 7370 Mexican Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… sclate… TRUE
#> 6 7410 Chestnut-backed Chic… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… rufesc… TRUE
#> 7 7400 Boreal Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… hudson… TRUE
#> 8 7352 unid. Carolina Chick… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 9 7353 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 10 7354 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 11 7351 unid. western chicka… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… sp. TRUE
#> 12 7340 Bridled Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… wollwe… TRUE
#> 13 7330 Oak Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 14 7331 Juniper Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… ridgwa… TRUE
#> 15 7332 unid. Oak Titmouse /… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 16 7310 Tufted Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolor TRUE
#> 17 7320 Black-crested Titmou… Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… atricr… TRUE
#> 18 7315 unid. Tufted Titmous… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolo… TRUE
#> 19 7430 Bushtit Mésan… Psaltr… Pass… Aegit… Psal… minimus TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("Poecile")
#> # A tibble: 10 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 2 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 3 7380 Mountain Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… gambeli TRUE
#> 4 7370 Mexican Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… sclate… TRUE
#> 5 7410 Chestnut-backed Chic… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… rufesc… TRUE
#> 6 7400 Boreal Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… hudson… TRUE
#> 7 7352 unid. Carolina Chick… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 8 7353 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 9 7354 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 10 7351 unid. western chicka… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… sp. TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species(7360)
#> # A tibble: 1 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 7360 Carolina Chickadee Mésange d… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species(73)
#> # A tibble: 28 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 1730 Brant Berna… Branta… Anse… Anati… Bran… bernic… TRUE
#> 2 2973 Blue Grouse (Dusky/S… Tétra… Dendra… Gall… Phasi… Dend… obscur… TRUE
#> 3 2730 Killdeer Pluvi… Charad… Char… Chara… Char… vocife… TRUE
#> 4 730 Aleutian Tern Stern… Onycho… Char… Larid… Onyc… aleuti… TRUE
#> 5 3731 Whiskered Screech-Owl Petit… Megasc… Stri… Strig… Mega… tricho… TRUE
#> 6 3732 Western Screech-Owl Petit… Megasc… Stri… Strig… Mega… kennic… TRUE
#> 7 3730 Eastern Screech-Owl Petit… Megasc… Stri… Strig… Mega… asio TRUE
#> 8 4730 Eurasian Skylark Aloue… Alauda… Pass… Alaud… Alau… arvens… TRUE
#> 9 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 10 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> # … with 18 more rows, and abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("^73") # Use regex to match aou codes starting with 73
#> # A tibble: 17 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 730 Aleutian Tern Stern… Onycho… Char… Larid… Onyc… aleuti… TRUE
#> 2 7360 Carolina Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 3 7350 Black-capped Chickad… Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 4 7380 Mountain Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… gambeli TRUE
#> 5 7370 Mexican Chickadee Mésan… Poecil… Pass… Parid… Poec… sclate… TRUE
#> 6 7352 unid. Carolina Chick… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… caroli… TRUE
#> 7 7353 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 8 7354 unid. Black-capped C… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… atrica… TRUE
#> 9 7351 unid. western chicka… unid … Poecil… Pass… Parid… Poec… sp. TRUE
#> 10 7340 Bridled Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… wollwe… TRUE
#> 11 7330 Oak Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 12 7331 Juniper Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… ridgwa… TRUE
#> 13 7332 unid. Oak Titmouse /… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… inorna… TRUE
#> 14 7310 Tufted Titmouse Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolor TRUE
#> 15 7320 Black-crested Titmou… Mésan… Baeolo… Pass… Parid… Baeo… atricr… TRUE
#> 16 7315 unid. Tufted Titmous… unid … Baeolo… Pass… Parid… Baeo… bicolo… TRUE
#> 17 7300 Pygmy Nuthatch Sitte… Sitta … Pass… Sitti… Sitta pygmaea TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("blue grouse")
#> # A tibble: 1 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 2973 Blue Grouse (Dusky/So… Tétra… Dendra… Gall… Phasi… Dend… obscur… TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("sooty grouse")
#> # A tibble: 2 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 2971 Sooty Grouse Tétra… Dendra… Gall… Phasi… Dend… fuligi… TRUE
#> 2 2973 Blue Grouse (Dusky/So… Tétra… Dendra… Gall… Phasi… Dend… obscur… TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
# To combine or not
search_species("blue grouse", combine_species_forms = FALSE)
#> # A tibble: 0 × 9
#> # … with 9 variables: aou <dbl>, english <chr>, french <chr>, spanish <chr>,
#> # order <chr>, family <chr>, genus <chr>, species <chr>, unid_combined <lgl>
search_species("sooty grouse", combine_species_forms = FALSE)
#> # A tibble: 2 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 2971 Sooty Grouse Tétra… Dendra… Gall… Phasi… Dend… fuligi… FALSE
#> 2 2973 unid. Dusky Grouse / … unid … Dendra… Gall… Phasi… Dend… obscur… FALSE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("northern flicker")
#> # A tibble: 4 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 4123 Northern Flicker (all… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratus TRUE
#> 2 4120 (Yellow-shafted Flick… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… TRUE
#> 3 4130 (Red-shafted Flicker)… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… TRUE
#> 4 4125 hybrid Northern Flick… hybri… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… TRUE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined
search_species("northern flicker", combine_species_forms = FALSE)
#> # A tibble: 4 × 9
#> aou english french spanish order family genus species unid_…¹
#> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lgl>
#> 1 4123 (unid. Red/Yellow Sha… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratus FALSE
#> 2 4120 (Yellow-shafted Flick… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… FALSE
#> 3 4130 (Red-shafted Flicker)… Pic f… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… FALSE
#> 4 4125 hybrid Northern Flick… hybri… Colapt… Pici… Picid… Cola… auratu… FALSE
#> # … with abbreviated variable name ¹unid_combined